Sequenza rapida

Entro una settimana da quando un paziente dell'UNM Hospital è risultato positivo al COVID-19, il laboratorio di Domman, che gestisce l'analisi delle sequenze del genoma SARS-CoV-2, ha stabilito che il campione era la variante Omicron.

Domman e Dinwiddie hanno immediatamente informato il Dipartimento della Salute del New Mexico (DOH). Il giorno successivo, il DOH è stato in grado di rilasciare un annuncio di servizio pubblico che Omicron era arrivato nello stato e ha incoraggiato ulteriori precauzioni.

"È stata una svolta piuttosto rapida", ha detto Dinwiddie.

Dinwiddie, un assistente professore presso il Dipartimento di Pediatria dell'UNM, ha affermato che lo studio e il monitoraggio di SARS-CoV-2 e delle sue varianti è stato utile anche per monitorare l'efficacia dei vaccini.

"Quando iniziamo a vedere una riduzione della protezione degli individui vaccinati quando si presenta un nuovo ceppo di SARS-CoV-2, questa è un'indicazione che forse la loro immunità sta calando", ha detto Dinwiddie. "Questo può essere utilizzato dal CDC e dalla FDA per vedere se hanno bisogno di approvare un altro richiamo".

Prima della pandemia, Dinwiddie, un assistente professore presso il Dipartimento di Medicina Interna, ha studiato altri virus respiratori utilizzando test genomici e l'obiettivo di Domman era la sorveglianza genomica del colera su scala globale. Domman ha affermato che le loro aree di competenza si combinavano bene quando è stato il momento di spostare la loro attenzione sul virus SARS-CoV-2 all'inizio del 2020.

"Penso che abbiamo competenze davvero complementari", ha detto Domman. "Penso che per entrambi sia stata una transizione abbastanza facile applicare le nostre competenze a SARS-CoV-2, ed è per questo che siamo stati in grado di ruotare così rapidamente e far funzionare le cose".

I due hanno sequenziato campioni positivi per SARS-CoV-2 sia dall'ospedale UNM che dagli ospedali del New Mexico, nonché da una grande società di test diagnostici chiamata TriCore Reference Laboratories.

"Questo ci ha davvero dato un'idea di come il virus veniva portato nello stato e da dove provenivano queste infezioni", ha detto Dinwiddie. "Quindi potremmo tracciare quelli che sono entrati e hanno portato alla diffusione della comunità".

Mentre gli Stati Uniti sono migliorati drasticamente nel lavoro di investigazione genomica negli ultimi due anni, c'è una cosa che li ha rallentati: i test COVID-19 a casa.

Naturalmente, i vantaggi dei test a domicilio superano i negativi, ma quei campioni positivi non vengono inseriti nel sistema di sorveglianza.

"Questo ha effetti drammatici non solo per noi, ma per il conteggio dei casi", ha detto Domman. "In termini di accesso ai campioni e comprensione di ciò che sta circolando nello stato, a livello regionale e nazionale, questo è sicuramente un problema che dobbiamo superare".

Per combattere questo problema, Domman ha affermato che i loro sforzi, insieme a TriCore e al DOH, l'obiettivo per il New Mexico è di sequenziare almeno il 5% di tutti i casi positivi in ​​un dato mese.

"Questa è una linea di base abbastanza buona", ha detto. "A quel livello, generalmente raccoglieremo le varianti e le sottovarianti che circolano nello stato".