Il colera rappresenta un ottimo modello per comprendere molti aspetti dell'epidemiologia delle malattie diarroiche, grazie alla natura esplosiva delle epidemie e alla caratteristica consistenza delle feci, simili ad acqua di riso. Partendo dalle nostre indagini sulla trasmissione a livello globale, ci stiamo ora concentrando su come utilizzare queste informazioni genomiche su scale spaziali rilevanti per gli interventi di sanità pubblica, come ad esempio a livello di nucleo familiare o distretto. Siamo inoltre interessati all'utilità del sequenziamento in tempo reale per fornire stime indipendenti di parametri epidemiologici chiave, come l'R0 _e le stime del numero totale di casi. Con questi strumenti possiamo fornire previsioni più accurate su dove potrebbe verificarsi la prossima epidemia di colera e possiamo progettare interventi razionali e basati su dati concreti per arrestare la diffusione del colera nelle regioni colpite.

A partire da marzo 2020, il mio laboratorio si è rapidamente adattato per lavorare sul sequenziamento dei genomi di SARS-CoV-2, il virus responsabile dell'attuale pandemia di COVID-19. Insieme al laboratorio di Darrell Dinwiddie (UNM), siamo a capo del sequenziamento e della genomica per il New Mexico e il Wyoming e facciamo parte del consorzio CDC-SPHERES. Lavoriamo a stretto contatto con i dipartimenti della salute del Nuovo Messico e del WY, il Los Alamos National Laboratory, nonché le strutture di test regionali per ottenere campioni e fornire analisi rilevanti per l'analisi dell'epidemia e la storia di trasmissione del virus nella regione di Mountain West. In questa veste, abbiamo sequenziato quasi 1,000 genomi virali da stati in tutta la regione. Il nostro obiettivo è fornire dati fruibili ai nostri funzionari della sanità pubblica su come la SARS-CoV-2 si sta diffondendo all'interno e tra le comunità e gli stati.

Abbiamo anche un forte interesse nell'applicare queste tecniche di epidemiologia genomica per capire come i geni di resistenza antimicrobica si muovono attraverso le popolazioni batteriche e le pressioni che stanno guidando questa diffusione. L'uso inappropriato di antimicrobici nella medicina sia animale che umana contribuisce all'aumento della resistenza nei principali patogeni batterici, come la Salmonella sp. ed Escherichia coli. Poiché la salute degli esseri umani dipende dalla salute dell'ambiente e dalla salute degli animali (cioè One Health), è fondamentale comprendere come i geni AMR e i patogeni resistenti si muovano tra le popolazioni animale-uomo-ambiente